Một số loài chim cánh cụt có thể giao phối cả đời, trong khi các loài khác chỉ giao phối một mùa. Nói chung, chúng tạo ra một bầy con nhỏ và cả chim bố lẫn chim mẹ cùng chăm sóc con non.

Ở một số loài con cái đẻ ít trứng (10-20: 10 trứng), ấp 65 ngày. Sau mỗi lần ấp, con cái giảm 40-50% khối lượng. Sau khi trứng nở, con mẹ tiếp tục ủ ấm cho con non.

Hành vi quan hệ trống mái

Đầu tháng 2 năm 2004 tờ New York Times thông báo rằng một cặp chim cánh cụt quai mũ trống tại Vườn bách thú Công viên Trung tâm (Central Park Zoo) tại thành phố New York đã kết đôi và thậm chí chúng đã ấp thành công từ trứng ra một con chim mái non. Các chim cánh cụt khác ở New York cũng đã được thông báo là tạo ra các cặp đồng tính.

Các vườn thú tại Nhật Bản và Đức cũng dẫn chứng các cặp chim cánh cụt đực. Các cặp chim đực này đã xây tổ cùng nhau và dùng các hòn đá thay trứng trong tổ của chúng. Nghiên cứu tại Đại học Rikkyo, Tokyo đã tìm thấy 20 cặp như thế tại 16 vườn nuôi thú và bể nuôi tại Nhật Bản. Vườn thú Bremerhaven tại Đức đã cố tách các cặp chim cánh cụt đực bằng cách nhập khẩu các chim cánh cụt mái từ Thụy Điển và tách các cặp đực ra nhưng họ đã không thành công. Giám đốc vườn thú nói rằng các mối quan hệ "uyên ương" này là quá mạnh.